Earthworm Jim wordt geraakt door een vliegende koe die hem in coma brengt. Jim wordt wakker in zijn eigen geest en ontdekt dat hij gek geworden is.
Zijn vroegere schurken zijn in hem opgekomen en als er niet snel iets gebeurt, blijft Jim voor altijd in coma. Zijn superego is losgelaten in zijn geest om de waanzin te stoppen. Om zijn gezond verstand te herstellen, moet hij de Gouden Uiers van helderheid vinden. Wanneer Jim in zijn gedachten opkomt, komt hij erachter dat zijn vier geesteskamers zijn overgenomen door zijn ergste angsten. Hij moet Golden Uiers verzamelen om de andere drie kamers en Green Marbles te ontgrendelen om de niveaus in de kamer te ontgrendelen. Jim verslaat vier schurken die zijn gedachtenkamers overnamen en wordt uiteindelijk geconfronteerd met de personificatie van zijn trauma: Earthworm Kim.
