Chauffeurs verdienen duizenden dollars door deel te nemen aan watervluchten, baanrecords neer te zetten, gestrande mensen te redden en geldbonussen te verzamelen.
Met deze winst kunnen ze verschillende onderdelen van de watervliegtuig repareren of upgraden om de raceprestaties te verbeteren en concurrerend te blijven in de steeds moeilijkere races. Eliminator Boat Duel biedt drie moeilijkheidsgraden: eenvoudig, normaal en expert. Het voltooien van een race op een lagere moeilijkheidsgraad brengt de speler naar de volgende hogere. Op elk moeilijkheidsniveau kan de watervliegtuig van de speler worden beschadigd door botsingen met dieren, de watervliegtuigen van de tegenstander en verschillende stationaire objecten. Een valse start wordt bestraft met een boete van $ 2000. Gedurende het grootste deel van een race besturen spelers hun watervliegtuigen in vogelvlucht en scrolt het scherm in meerdere richtingen; maar in een segment van de race verandert het grafische perspectief in een trackingmodus van een derde persoon. In een spel voor één speler, concurreert de speler eerst met Seasick Sidney (in de eenvoudige modus), met Aquarius Rex (in de Normale modus), of met Surfer Bob (in Expert-modus). De speler concurreert dan met respectievelijk Vicious Vicky, Weird Willy, Mangler Mike, Veronica Alabaster en Disaster Don (de regerend wereldkampioen). Om te winnen, moet de speler elke tegenstander één-op-één verslaan op drie unieke racecursussen. Eliminator Boat Duel heeft 24 unieke racecursussen.
