Lang geleden werd het continent van Archanea binnengevallen door het Dolhr-rijk, geleid door de Shadow Dragon Medeus. Anri, een jongen uit Altea, versloeg de Shadow Dragon met het goddelijke zwaard Falchion. Het koninkrijk van Archanea werd hersteld en de wereld betrad een tijdperk van vrede. Maar 100 jaar later wordt Medeus opgewekt door de kwaadaardige tovenaar Gharnef, die de magistaat Khadein heeft veroverd. De twee vormen een alliantie met de koninkrijken Macedonië en Grust om de wereld te veroveren. Cornelius, de koning van Altea en opvolger van Anri, neemt Falchion op en vertrekt om hen te verslaan, terwijl hij zijn zoon Marth en dochter Elice achterlaat in de zorg van een bastion bemand door de bondgenoot van Altea, Gra. Gra verraadt echter Altea aan Dolhr; Cornelius wordt gedood, Falchion wordt gestolen en Elice offert zich op zodat Marth kan ontsnappen. Vergezeld door een handvol ridders, zoekt hij zijn toevlucht in de eilandstaat Talys.
Een paar jaar later weert Marth een invasie van piraten uit Talys af, waardoor zijn koning concludeert dat hij klaar is om tegen Dolhr te strijden; hij stuurt Marth naar buiten met een aantal van zijn meest vertrouwde mannen en zijn dochter, prinses Caeda. Marth redt eerst het koninkrijk Aurelis en schakelt de hulp in van de jongere broer van zijn koning, Hertog Hardin en zijn bewakers. Hij ontmoet prinses Nyna, de laatste overlevende van de koninklijke familie Archanes en leider van het verzet tegen Dohlr. Ze geeft hem het Vuurembleem, een legendarische schat aan de held die is voorbestemd om de wereld te redden. De twee marcheren naar Archanea en bevrijden het van Grust’s greep. Na kort Khadein binnen te vallen op zoek naar Falchion, herovert Marth Altea. Hij ontdekt dat zijn moeder is gedood tijdens de invasie en dat Gharnef Elice gevangen houdt. Marth strijdt tegen Grust en hun topgeneraal, Camus, die Nyna redde van executie in handen van Dohlrian; hij kiest ervoor om zijn eer als een ridder van Grust te handhaven, en Marth wordt gedwongen om hem te verslaan.
Marth wordt benaderd door Gotoh, een wijze oude wijze, die hem informeert dat Gharnef het boek Imhullu hanteert, waardoor hij onoverwinnelijk wordt; het enige dat hem kan verslaan, is de magie van Starlight. Gotoh stuurt Marth naar de Fane of Raman om de materialen te vinden die nodig zijn om Starlight te creëren; hij redt ook de goddelijke draak, Tiki. Marth valt vervolgens Macedonië binnen en deponeert de tirannieke koning Michalis met behulp van Michalis ‘zuster Minerva. Daar herkent Gotoh Starlight. Marth valt Khadein opnieuw binnen, verslaat Gharnef, vordert Falchion terug en redt Elice. Hij begeeft zich vervolgens naar Dohlr, vecht en verslaat Medeus en keert terug naar het land. Als Caeda de gebeurtenissen van het spel heeft overleefd, verklaren zij en Marth hun liefde voor elkaar.
