In de toekomst Crystal Tokyo is een kleine groep ontevreden burgers samengekomen om een rebellenteam van Senshi te vormen, de Oppositio Senshi, die vinden dat de Sailor Senshi en het Silver Crystal de bron zijn van alle veldslagen van de aarde in het verleden. Samen met een mysterieuze vrouw genaamd Apsu, willen ze de tijd verdraaien en het lot van de aarde veranderen.
Tegenwoordig genieten de Sailor Senshi van vrede nu de Death Busters zijn verslagen. Er gebeuren echter vreemde dingen in de stad. Eerder versloeg Daimons, Droids en Youma door de hele stad. Een bezoek van Ryo Urawa onthult een cryptische verklaring dat het verleden en de toekomst worden vervangen. Rei ziet vreemde verschijningen in het vuur en dan worden de vier Innerlijke Senshi, samen met Chibiusa vermist. Sailor Moon ontmoet Uranus, Neptunus en Saturnus om de vermiste Senshi te zoeken.
