Het jaar is 2016. De mensheid is teruggebracht tot enkele overlevenden die het ruimtestation Omega bewonen. In de loop van de geschiedenis bezochten buitenaardse wezens elke vijfentwintig jaar de aarde, waarbij ze mensen “oogstten” als organisch materiaal. Uiteindelijk lanceren ze een aanval op de laatste overblijfselen van het menselijk ras. Maar Adam Drake, een genetisch gemanipuleerde soldaat, komt in het bezit van een tijdreizend apparaat. Hij gebruikt het om te reizen naar de perioden van de menselijke geschiedenis toen buitenaardse wezens hun dodelijke aanvallen uitvoerden. Het lot van de mensheid ligt in zijn handen.
Body Harvest is een actie- en racegame met een missiestructuur. De hoofdpersoon reist naar verschillende locaties en tijdperken (bijvoorbeeld Griekenland tijdens de Tweede Wereldoorlog, Siberië in de jaren negentig, enz.) Met het doel buitenaardse invasies te stoppen. Je kunt naar missies gaan door naar specifieke gebieden op de kaart te reizen. Adam kan te voet bewegen en zijn wapens gebruiken om buitenaardse wezens te doden; voertuigen blijken echter meestal een betrouwbaardere manier te zijn om de meeste missies aan te pakken. Adam kan de meeste van zijn wapens gebruiken in een voertuig; bovendien zijn sommige voertuigen uitgerust met hun eigen wapens.
