Marvin The Martian heeft een ultiem wapen ontwikkeld waarmee hij eindelijk de aarde kan vernietigen, waardoor hij uiteindelijk de controle over het universum kan overnemen.
Bij de demonstratie van het wapen belemmert een lichte addertje onder het gras zijn slinkse daad. Het wapen is uit Atoms, waar het op draait, dus stuurt hij zijn volgelingen (allemaal personages uit het Looney Tune-universum) om Atoms te verzamelen om zijn wapen te voeden.
Duck Dodgers wordt door zijn academie op de hoogte gebracht van de daden van Marvin en gaat op zoek naar de honderd Atomen voordat Marvin dat kan. Uiteindelijk moeten Dodgers en zijn sidekick, Cadet, naar vier verschillende planeten trekken, waaronder een groot piratenschip, om de overhand te krijgen over Marvin.
