FIFA 99 beschikt over een elite-competitie genaamd de “European Dream League” waarin 20 topteams uit heel Europa strijden in een competitie-indeling.
Het was ook de eerste game met een blok met teams die niet tot een van de hoofdcompetities behoorden (toen heette het “Rest of Europe” omdat alle teams Europees waren, de overgrote meerderheid van hen kwam voor in de Seizoen 1998-99 van de UEFA Cup of Champions League).
Grafisch is het een grote verbetering ten opzichte van FIFA ’98, met de toevoeging van basisgezichtsanimaties en verschillende spelershoogtes, evenals bepaalde andere cosmetische kenmerken zoals verbeterde kits en emblemen, hoewel ze geen licentie hebben. Gamers kunnen ook hun eigen aangepaste bekers en competities maken en de teams selecteren waaraan ze willen deelnemen.
