Bahamut Lagoon combineert RPG-mechanica met op teams gebaseerde gevechten. Personages hebben HP, MP (SP voor vechterspersonages), EXP, uitrusting, statistieken en klassespecifieke, SP-aftappende speciale elementaire vaardigheden, net als traditionele console-RPG’s. De speler kan zijn omgeving verkennen, met mensen praten en winkels bezoeken als hij niet in de strijd is, hoewel in beperkte mate omdat er geen wereldkaart is en er geen manier is om het huidige gebied te verlaten.
De kern van de game is de turn-based gevechten die op een 2d grid worden uitgevochten. Personages worden samengevoegd tot groepen van vier en de speler liet maximaal zes partijen toe, die meestal veel minder zijn. De twee tegengestelde partijen handelen in afwisselende beurten zodat elke partij één keer kan bewegen en / of één keer kan aanvallen. Aanvallen zijn onderverdeeld in gevechten op afstand en close-up. In het eerste geval gebruikt een partij een speciale vaardigheid (bijvoorbeeld vuurballen werpen, bliksem gooien, bondgenoten helen) van een van haar leden op afstand. Het bereik en het mogelijke gebied van effectschade variëren per vaardigheid. Als de aanvallende partij twee of meer personages met dezelfde vaardigheid heeft, nemen ze deel aan de actie om de effectiviteit ervan te vermenigvuldigen. Gevechten op afstand resulteren in minder geld en over het algemeen minder schade, maar het doelwit kan niet vergelden. Aanvallen op afstand kunnen ook het veld beïnvloeden; vuur en ijs ontbranden of blussen bossen en smelten of bevriezen ijs, enz. Close-up, elke eenheid in twee aangrenzende tegengestelde partijen kan één keer optreden. Net als bij Final Fantasy SNES-gevechten kunnen ze een vijand aanvallen, een item of een speciale vaardigheid gebruiken (hoewel deze niet kunnen worden gecombineerd en de meeste slechts één doel beïnvloeden in plaats van alles) of verdedigen.
Draken zijn de aas van de speler in de hole. Ze hebben hun eigen statistieken en doen ervaring op zoals normale personages. In de strijd heeft elke partij een draak eraan vast en haalt een groot deel van zijn kracht uit die van zijn draak: als de draak van een partij wordt gedood, verliest de partij de mogelijkheid om speciale aanvallen en klassespecifieke vaardigheden te gebruiken voor de rest van de kaart. Het beest fungeert als een zeer krachtige autonome eenheid die beweegt nadat zijn partij dat doet en het kan niet worden bestuurd buiten zeer eenvoudige commando’s, b.v. “Komen!” Buiten het gevecht zullen draken alles eten en verhogen door ze items te voeren is een belangrijk onderdeel van het spel. Feeding kan hun statistieken verbeteren en hun gedrag op het veld beïnvloeden, en de draken ontwikkelen zich naar nieuwe vormen naarmate ze groeien.
De speler kan de personages in elk van de partijen, hun formatie en wat Dragon voor hen naar believen vertegenwoordigt, wijzigen.
